Можно ли производить частичную замену аккумуляторов ИБП?

Нет, нельзя. Химические процессы в новой аккумуляторной батарее будут отличаться от химических процессов в остальных, что может привести к быстрому выходу из строя не только новой, но и имеющихся батарей.