Нужно ли при подключении аккумуляторов настраивать их ёмкость в меню ИБП?

Да, но это требуется лишь для того, что ИБП корректно отображал время автономной работы. На другие параметры, например, ток зарядки, это никак не влияет. Поскольку при последовательном подключении АБ их емкость не увеличивается, а увеличивается лишь напряжение, в настройках необходимо устанавливать ёмкость одной батареи.