Можно ли использовать выход ИБП для аккумуляторов не по назначению?

Нет, так как выпрямитель зарядного устройства ИБП работает по принципу питания постоянным напряжением и снижающимся током по мере выравнивания потенциалов между ЗУ и АБ. Соответственно, когда в блоке питания контроллера СКУД будут заряжаться конденсаторы, в ЗУ ток будет снижаться до минимального или вовсе до 0, и контроллер будет выключаться, а затем снова включаться/выключаться бесконечным циклом.